Dwustopniowe uwierzytelnianie pozwala na zwiększenie bezpieczeństwa logowanie poprzez wprowadzenie doatkowej weryfikacji. Po włączeniu użytkownik potrzebuje dostawcy dwuskładnikowego/dwustopniowego uwierzytelniania, który dostarcza token (kod) przez np. SMS.

Ta strona pozwala na wybranie dostawcy uwierzytelniania dla użytkowników Webmina na tym systemie. Po włączeniu każdy użytkownik może zarejestrować się do dwustopniowego uwierzytelniania poprzez moduł Użytkownicy Webmina Dostępni dostawcy dwustopniowego uwierzytelniania:

Authy
  Jest to aplikacja komercyjna. Dostarcza aplikację na smartphone i stronę internetową do zarządzania. Każdy użytkownik musi utworzyć konto na stronie Authy i połączyć go ze swoim smartphone.

Google Authenticator
  Jest to aplikacja na smartphone, która implementuje standardowy protokół TOPT. Każdy użytkownik musi zeskanować kod QR korzystając z aplikacji, aby połączyć swój token z serwerem Webmina.